W sezonie 2007/08 walka o byt trwała do przedostatniej kolejki. Po wcześniejszej niespodziewanej wygranej wyjazdowej z Odrą Wodzisław (dwa gole Janusza Wolańskiego), poloniści potrzebowali punktu w meczu u siebie z Lechem Poznań. W Bytomiu długo utrzymywał się wynik 1:1, ale w ostatniej minucie gola dla rywali strzelił Przemysław Pitry. W doliczonym czasie
gry bytomianie przeprowadzili niezapomnianą akcję. Gola strzelił wówczas stoper Pavol Stano, a asystował mu.... bramkarz Michal Pesković, który zapędził się pod bramkę Lecha. Polonia, prowadzona przez Michała Probierza, zajęła ostatecznie 13. miejsce w ekstraklasie.
W sezonie 2008/09 Polonia prezentowała się dość dobrze i plasowała się w środku tabeli. Na początku rundy wiosennej zanotowała jednak ewidentną obniżkę formy i po porażce 0:3 z Ruchem Chorzów posadę stracił trenera Marek Motyka. Byt Polonii w ekstraklasie uratował nowy szkoleniowiec Jurij Szatałow. Najbardziej przyczyniły się do tego wygrane u siebie z Cracovią po golu Adriana Klepczyńskiego w 87. minucie (bytomianie większość spotkania grali w dziesięciu) oraz z Arką Gdynia (bramki Klepczyńskiego i Zielińskiego padły w ostatnich sześciu minutach spotkania). Polonia zakończyła na rozgrywki na świetnym 7. miejscu.
Po bardzo udanej rundzie jesiennej sezonu 2009/10 Polonia była już niemal pewna utrzymania. Na wiosnę bytomianie znów grali jednak słabo. Pozostanie w ekstraklasie zapewnili sobie dopiero w 27. kolejce wygrywając u siebie z Zagłębiem Lubin (2:1). Na koniec sezonu znów byli na 7. miejscu.