Faza grupowa zostanie rozegrana między 23 października a 18 grudnia. 40 zespołów zostało podzielonych na osiem grup. Każdy rozegra cztery spotkania - po dwa na własnym stadionie i na wyjeździe. Po trzy najlepsze ekipy z każdej grupy awansują do 1/16 finału. Od tej fazy rozgrywek rywalizacja toczyć się będzie systemem pucharowym.
Finał obecnej edycji Pucharu UEFA odbędzie się 20 maja 2009 roku w Stambule.
Grupa A: Schalke, PSG, Man City, Santander, Twente
Grupa B: Benfica, Olympiakos, Galatasaray, Hertha, Metalist Charków
Grupa C: Sevilla, Stuttgart, Sampdoria, Partizan, Standard Liege
Grupa D: Tottenham, Spartak, Udinese, Dinamo Zagrzeb, Nijmegen
Grupa E: Milan, Heerenven, Sporting Braga, Portsmouth, Wolfsburg
Grupa F: HSV, Ajax, Slavia Praga, Aston Villa, MKS Zilina
Grupa G: Valencia, Club Brugge, Rosenborg, FC Kopenhaga, Saint-Étienne
Grupa H: CSKA Moskwa, Deportivo La Coruna, Feyenoord, Nancy, Lech Poznań
